Istoria localităţii Nicula consemnează un incendiu de amploare în anul 1602, prilej cu care a fost incendiată şi biserica de atunci a localităţii. O nouă biserică a fost construită de localnici pe dealul „Vergheleu", care va fi înzestrată cu un iconostas în anul 1694 şi cu un clopot datat în 1696. În această biserică a fost aşezată, în anul 1681, icoana Maicii Domnului zugrăvită de maestrul Luca din Iclod, şi tot în această biserică a avut loc miracolul din anul 1699.
La sesizarea autorităţilor, cardinalul Leopold Kollonics a deschis o anchetă pentru a investiga miracolul de la Nicula. Au fost însărcinaţi cu aceasta doi călugări iezuiţi: Sigismund Vizkeleti, parohul Clujului, şi Ladislau Baranyi, parohul Albei Iulii.
În urma audierii a 28 de martori, cei doi iezuiţi au redactat, în 28 martie 1699, un raport care s-a păstrat într-o copie autentificată la conventul de la Cluj Mănăştur. Ancheta a confirmat autenticitatea minunii, iar cardinalul Kollonics, a luat decizia de a încredinţa icoana Ordinului Iezuit. În aceeaşi perioadă, contele Korniş a decis să construiască pentru sătenii din Nicula o nouă biserică de lemn. Mănăstirea Nicula a devenit, în secolul al XVIII-lea, unul dintre cele mai mari centre de pelerinaj din Transilvania. Interesul faţă de Nicula a fost stimulat şi de bula Papei Clement al XIII-lea, din 1767, prin care pontiful acorda „indulgenţa plenară" pelerinilor care se închinau la mănăstire în sărbătorile mariane, în special la 15 august şi 8 septembrie.
În anii 1875-1879, la mănăstirea din Nicula a fost construită o nouă biserică din piatră. În 1928, papa Pius al XI-lea a acordat mănăstirii Nicula statutul de sanctuar marianic. Câţiva ani mai târziu, în 1936, episcopul de Cluj-Gherla, Iuliu Hossu, a încredinţat mănăstirea Nicula călugărilor bazilitani (ai Sf. Vasile). Cu această ocazie, icoana a fost instalată în iconostasul bisericii mănăstirii.
În anul 1948, călugării greco-catolici de la Nicula au fost arestaţi de autorităţile comuniste, mănăstirea fiind preluată de o comunitate monastică ortodoxă.
Pentru a împiedica căderea icoanei în mâinile autorităţilor comuniste, unul dintre îngrijitorii mănăstirii a zidit-o într-unul dintre pereţii propriei case. Paisprezece ani mai târziu, fostul îngrijitor al mănăstirii a mărturisit stareţului din Nicula locul unde era ascunsă icoana. Confiscată de organele de securitate, icoana miraculoasă a fost apoi depusă, la solicitarea episcopului Teofil Herineanu, în capela Institutului Teologic Ortodox din Cluj-Napoca.
În anul 1973, vechea biserică de lemn a mănăstirii a ars într-un incendiu. În locul ei a fost adusă, în anul 1974, o altă biserică de lemn reprezentativă pentru tradiţia transilvăneană a arhitecturii în lemn, cu o istorie lungă şi plină de semnificaţii.
Icoana făcătoare de minuni a revenit la Nicula în anul 1991, după restaurarea sa de către specialiştii clujeni. Mănăstirea de la Nicula a cunoscut, în ultimele decenii, cea mai înfloritoare perioadă a istoriei sale, fiind transformată într-un centru al culturii şi artei, care găzduieşte în fiecare an zeci de mii de pelerini.
